北京市神經外科研究所功能神經外科研究室前身為神經生物室，在王忠誠院士的領導下，經過幾任科室領導的努力，研究領域逐漸拓寬，于2004年更名為功能神經外科研究室。目前主要從事功能神經外科疾病的基礎與臨床研究，包括功能神經外科常見疾?。ㄟ\動障礙性疾病、癲癇、顱神經疾病、疼痛、意識障礙等）的神經機制、神經電刺激臨床治療及轉化醫學應用研究。
  本科室于1998年10月率先在國內開展腦深部電刺激手術治療帕金森病，并取得成功；2003年7月首次采用丘腦底核腦深部電刺激治療遲發型肌張力障礙，癥狀改善顯著；隨后相繼開展腦深部電刺激對其他多種運動障礙性疾病及迷走神經電刺激對難治性癲癇的治療；實驗室于2004年建立基礎實驗平臺，開始開展神經電刺激的相關基礎研究；自2004年起與清華大學合作，致力于國產神經電刺激器的研發，并共同建立了神經調控技術國家工程實驗室；2014年6月正式獲批神經電刺激研究與治療北京市重點實驗室。
  目前科室共有7人，其中正高職稱人員2名、副高職稱人員2名。已培養博士研究生7名，碩士研究生28名，博士后2名。目前在讀博士研究生10名，碩士研究生14名，博士后2名。